RNA-Seq e Análises de Expressão
O ERGO 2.0 fornece Análise de Expressão Gênica completa para RNA-Seq, microarray e outros estudos de expressão.
Visualize dados de expressão gênica diferencial nos mapas interativos de KEGG Pathways prontos para publicação do ERGO 2.0 e obtenha informações sobre seus resultados experimentais.
O ERGO 2.0 apresenta análise da expressão gênica diferencial dentro do contexto metabólico de um genoma. Descubra rapidamente quais subsistemas estão mais e menos expressos. Escolha contrastes, desenhe gráficos e exporte com facilidade.
Identifique e selecione genes significativamente mais ou menos expressos usando o Volcano Plot interativo do ERGO 2.0. Exporte sem dificuldade gráficos de perfis de expressão para apresentação e publicação.
Data clustering permite a identificação de padrões de expressão. Escolha dentre uma variedade de métodos de correlação para clustering e aprofunde sua compreensão restringindo sua seleção e vizualizando subplots.
Verifique a consistência entre replicatas biológicas e técnicas examinando visualizações geradas a partir de dados. O ERGO 2.0 permite a simples remoção de valores inconsistentes da análise e o fácil recálculo de clustering, PCA ou expressão gênica diferencial.
Recursos que o ERGO 2.0 fornece para análise de RNA-Seq e expressão
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Análise de qualidade de leituras de sequência
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Alinhamento RNA-Seq usando software academicamente comprovado (Bowtie 2, TopHat e muito mais)
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Resumo de leitura RNA-Seq (featureCounts, Cufflinks, HTSeq, Sailfish)
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Análise de qualidade de amostra RNA-Seq
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Normalização de dados usando R com técnicas publicadas (limma, voom, DESeq2)
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Diagrama de cluster hierárquico personalizado
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Análise de expressão gênica diferencial personalizada integrada ao nosso enorme banco de dados de vias, KEGG, Gene Ontology (GO).
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Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) para ERGO Pathway Database, KEGG Pathways e Gene Ontology.
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Gráficos personalizados de Análise de Principal Components Analysis (PCA)
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Mapas KEGG Pathway personalizáveis