Acelere Sua Pesquisa!
O ERGO 2.0 fornece um amplo conjunto de ferramentas de bioinformática centrado em genômica comparativa para montar e explorar informações de genomas sequenciados. Usando os algoritmos proprietários e um banco de dados de genomas abrangente integrado com a maior coleção de vias metabólicas e não metabólicas microbianas, o ERGO™ atribui funções aos genes, integra genes em vias metabólicas e regulatórias e também identifica genes anteriormente desconhecidos ou caracterizados erroneamente, vias crípticas e produtos gênicos.
O conteúdo com curadoria manual do ERGO 2.0, combinado com ferramentas genômicas de ponta, tem ajudado cientistas de universidades e indústrias de biotecnologia, agricultura e farmacêutica de todo o mundo a entender os fenômenos biológicos subjacentes, possibilitando novas descobertas e o desenvolvimento de novos produtos mais rapidamente.
Ferramentas e Recursos do ERGO 2.0
Análise de Metagenomas/Microbiomas
Analise facilmente metagenomas simplesmente arrastando e soltando arquivos BIOM no ERGO. Faça Análises de Coordenadas Principais (PCO), Estimativas de Riqueza e Gráficos de Barras Taxonômicas com um clique de um botão. Além disso, o ERGO faz Análises de Similaridades (ANOSIM) para testar a significância das diferenças entre grupos.
Workflows do ERGO™
Análises de sequências rápidas, precisas e seguras.
Os workflows do ERGO não poderiam ser mais fáceis - basta arrastar e soltar seus arquivos de sequência no ERGO e começar as suas análises. Não existe uma maneira mais simples de realizar análises de RNA-Seq e Variantes.
Anotação de Genomas Completos
ERGO é a principal plataforma de anotação, fornecendo aos cientistas e pesquisadores uma visão profunda sobre suas cepas. Usando uma combinação de algoritmos proprietários, similaridade de sequências, agrupamento por contexto gênico, dados regulatórios e de expressão, o ERGO pode deduzir a funcionalidade principal de genomas procarióticos e eucarióticos
Genome Browser
Visualize genomas por sistemas ou subsistemas funcionais e compreenda a distribuição de vias metabólicas e não metabólicas. Visualizações poderosas facilitam não apenas a comparação de sequências genômicas, mas também a comparação metabólica para maior compreensão da plasticidade do genoma, deslocamento de genes e de ortólogos.
Análise de Expressão Gênica Diferencial
Integre dados de expressão com o ERGO para identificar genes diferencialmente expressos de RNA-Seq, cDNA, EST, Microarray e outros estudos de expressão. O ERGO realiza automaticamente análises estatísticas apresentando os genes diferencialmente expressos em seu contexto metabólico. Visualize dados de expressão nos mapas de vias do KEGG. Não é necessário conhecimento de técnicas ou ferramentas estatísticas.
Detecção e Análise de Variantes
Explore a variação entre suas cepas. O ERGO identifica e anota Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Inserções e Deleções (InDels). Descubra rapidamente transcritos ablacionados, frameshifts, perdas de start/stop codon e muito mais.
Análise Metabólica
O ERGO 2.0 deduz a funcionalidade metabólica principal de um organismo inteiro a partir de dados de sequência do genoma. Isso permite que os cientistas acelerem suas pesquisas para melhoramento de cepas, otimização e desenvolvimento de produtos.
Genômica Comparativa
As ferramentas do ERGO 2.0 permitem que os cientistas rapidamente identifiquem e explorem diferenças entre cepas. Utilizando a nossa ferramenta de Alinhamento de Genomas comprovada em publicações, os cientistas são capazes de explorar visualmente tais diferenças. Ferramentas comparativas de Protein Clustering aprimoram a identificação de clusters ou ORFs comuns e únicas, destacando características que poderiam ser usadas na geração de primers para estudos de expressão em grupos de organismos.
Ferramentas de Genômica
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Alinhamento de múltiplas sequências
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Alinhamento de sequência em pares
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Criação e visualização de árvores taxonômicas
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Alinhamento de Genomas
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Anotação de genomas automatizada e manual
Bases de Dados Integradas
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ERGO Database contendo 3000+ genomas anotados
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KEGG Pathway Database
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Ontologia Gênica
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RefSeq
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Swissprot
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Uniprot
Instalações na nuvem e no local
ERGO pode ser acessado através da nossa nuvem segura a partir de qualquer lugar do mundo. Os dados são criptografados o tempo todo; em repouso e em trânsito. Nuvem privada e instalações de rede interna seguras também estão disponíveis.
Interface do Programador de Aplicações (API)
O incrível banco de dados do ERGO e o seu conjunto de ferramentas proprietários da ERGO agora está disponível por meio via uma API REST. Integre facilmente o ERGO com suas ferramentas e infraestrutura existentes.
Formatos de arquivo para importar/exportar
Importe e exporte facilmente formatos genômicos padrões, tais como:
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Genome Feature Format (GFF V2/V3)
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FASTA
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GenBank
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CSV/Texto
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Variant Files (VCF/BCF)
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e outros
ERGO é usado por cientistas em todo o mundo.
"Achamos que o sistema de descoberta ERGO é uma ferramenta excepcionalmente útil para nossos projetos de engenharia metabólica e esperamos que ele nos ajude no desenvolvimento de novas linhagens de produção para uma produção maior e mais econômica de compostos biológicos. "
— Dr. Thomas Haas
Diretor do Centro de Biotecnologia Science-to-Business da Evonik
"Estamos muito satisfeitos em trabalhar com a Genômica Integrada... A plataforma ERGO™ nos permitirá entender e explorar ainda mais nossas cepas termofílicas em seu potencial máximo para fornecer a próxima geração de biocombustíveis verdes. "
— Dr. Steven Martin
Diretor Associado de P&D na TMO
"A plataforma ERGO™ nos dá um recurso valioso e abrangente para nossos estudos de genômica e fornece um poderoso ambiente de mineração de dados para nossos cientistas"
— Dr. Barton Slatko
Cientista Sênior da Divisão de Parasitologia Molecular do NEB
"Como a DANONE está trabalhando em produtos probióticos, o ERGO é um grande banco de dados para nos ajudar a encontrar funções probióticas em nossas cepas. "
— Dra. Sophie Legrain-Raspaud
Líder de equipe no grupo de identificação de genes probióticos do Centro de Pesquisa DANONE
